《三國(guó)志孔明傳》的主要改變就是將主角換成了孔明。因此游戲的第一章便是從三顧茅廬開(kāi)始,總共有15幕包括大小戰(zhàn)役47個(gè)。游戲在前作基礎(chǔ)上有新增了大量寶物,并且提供了道具和兵器的收藏功能。游戲在劇情上的大體流程基本上采用《三國(guó)演義》為藍(lán)本,不過(guò)基于游戲的完成性必要在五丈原戰(zhàn)役之后就采用了假想劇情,在這場(chǎng)戰(zhàn)役中玩家可以讓孔明詐死以此躲過(guò)一劫,最終完成復(fù)興漢室的大業(yè)。為了盡可能貼近史詩(shī),光榮還在游戲設(shè)定上做了一些手腳,如果玩家在游戲中按照史實(shí)制定作戰(zhàn)策略便可以事半功倍。游戲中還設(shè)置了多結(jié)局的劇情,不同的玩法有著不同的結(jié)局,也就是說(shuō),諸葛亮的最后結(jié)局是怎么樣的,全都依靠玩家的玩法。