網(wǎng)絡(luò)分析軟件(Cytospace)

Cytospace是一個用于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析的開源網(wǎng)絡(luò)的軟件，用于可視化復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)并將其與任何類型的屬性數(shù)據(jù)集成。許多應(yīng)用程序可用于各種問題領(lǐng)域，包括生物信息學(xué)，社交網(wǎng)絡(luò)分析和語義網(wǎng)。

軟件特征：

支持多種標(biāo)準(zhǔn)

Cytoscape支持很多標(biāo)準(zhǔn)的網(wǎng)絡(luò)和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導(dǎo)入由其他應(yīng)用程序或電子表格程序生成的數(shù)據(jù)文件，如表達(dá)譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節(jié)點、邊和網(wǎng)絡(luò)上的任意屬性。例如，為您的蛋白質(zhì)輸入一組自定義注釋術(shù)語，為您的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用創(chuàng)建一組置信值。

公共數(shù)據(jù)庫客戶端

Cytoscape是作為一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫，導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫，并導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫開發(fā)新的服務(wù)客戶端。

互操作性

由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

會話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（.cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

布局

在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動布局工具。

圖像導(dǎo)出

您可以將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像（PDF和PS）可以通過其他應(yīng)用程序（如Adobe Illustrator）進(jìn)行修改，以進(jìn)一步增強。

VizMapper

使用強大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡(luò)上查看基因表達(dá)比和p值的疊加。  表達(dá)數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點顏色、標(biāo)簽、邊界厚度或邊界顏色等。

篩選

過濾網(wǎng)絡(luò)，以根據(jù)當(dāng)前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點和/或相互作用的子集。 例如，用戶可以根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點、共享特定GO注釋的節(jié)點，或在一個或多個條件下基因表達(dá)水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點。您可以從過濾結(jié)果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡(luò)。

檢索

從搜索窗口搜索目標(biāo)節(jié)點和邊。Lucene語法支持任意復(fù)雜的查詢。

瀏覽

放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡(luò)。使用網(wǎng)絡(luò)管理器可以輕松組織多個網(wǎng)絡(luò)。而且這種結(jié)構(gòu)可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(luò)（100,000+節(jié)點和邊）。

查找模塊/集群

尋找活躍的子網(wǎng)絡(luò)/途徑模塊。根據(jù)基因表達(dá)數(shù)據(jù)對網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡(luò)，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達(dá)水平。 每個子網(wǎng)絡(luò)中包含的相互作用為控制觀察到的表達(dá)變化的調(diào)控和信號傳導(dǎo)相互作用提供了假設(shè)。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡(luò)中找到簇（高度相互連接的區(qū)域）。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的簇已被證明是蛋白質(zhì)復(fù)合物和途徑的一部分。蛋白質(zhì)相似性網(wǎng)絡(luò)中的簇代表蛋白質(zhì)家族。

應(yīng)用管理器和應(yīng)用商店

可用于網(wǎng)絡(luò)和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、導(dǎo)入和可視化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從App Store中安裝（這是Cytoscape 3的一個功能）。

更新日志：

Cytoscape 3.8是Cytoscape桌面版，更新了用戶界面和渲染引擎。

更快的渲染速度

提高了渲染性能，并優(yōu)化了與大型網(wǎng)絡(luò)的交互。Cytoscape現(xiàn)在為多達(dá)10,000個節(jié)點和3,000,000條邊的網(wǎng)絡(luò)提供了交互式用戶體驗。

新的面板選項

你的Cytoscape工作空間現(xiàn)在可以通過新的工作空間面板系統(tǒng)來定制你的可用屏幕空間。面板現(xiàn)在可以最小化，設(shè)置為浮動，或�？吭诠ぷ骺臻g中。

自定義工具欄

您現(xiàn)在可以選擇項目何時出現(xiàn)在工具欄中，減少雜亂無章的情況，并讓您快速訪問最常用的工具。

更新的分析器應(yīng)用程序

網(wǎng)絡(luò)分析器的核心應(yīng)用程序已經(jīng)重新設(shè)計。改進(jìn)了用戶界面，并增加了對Cytoscape自動化的支持，以便于從腳本和分析工作流中訪問。

標(biāo)簽重新定位工具

現(xiàn)在可以在網(wǎng)絡(luò)視圖中快速直觀地定位標(biāo)簽。

CyBrowser JavaFX更新

CyBrowser，Cytoscape 的網(wǎng)頁瀏覽器，已經(jīng)更新為使用 JavaFX 13。CyBrowser現(xiàn)在與現(xiàn)代網(wǎng)頁和應(yīng)用程序有更大的兼容性。

支持Java 11

Cytoscape與Java 11兼容，與最新的Java支持保持一致。Cytoscape 捆綁了一個 AdoptOpenjdk JVM。

CyNDEx-2更新

CyNDEx-2已更新為支持Swing用戶界面，顯著減少了啟動時間并提高了穩(wěn)定性。

CX支持更新

對CX數(shù)據(jù)交換格式的支持不斷完善，促進(jìn)了Cytoscape桌面和其他生態(tài)系統(tǒng)組件之間網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)的可靠傳輸。